巴东县人民医院始建于1950年，位于已淹没的巴东老城区一所破庙里，是一个3张病床、3个医生的小诊室。

1960年医院住院部迁至黄土坡小区，形成门诊、住院两大块，相距十公里，70年代末修建住院楼。为保证三峡工程按时蓄水、通航、发电，1997年9月，巴东县人民医院将位于老城淹没区内的门诊部一次性拆除，合并到住院部。2003年6月，县委、县政府同意县人民医院实施整体搬迁，2006年3月正式启动整体搬迁工作。2009年6月，巴东县人民医院完成医疗业务大楼整体搬迁，搬至白土坡小区。